La presenza del Monastero San Giuseppe delle Monache Benedettine in Assisi risulta molto allettante addentrarsi nello studio delle origini del monachesimo: affascinante, non semplice, dato che bisogna abbandonare le certezze per un mondo, per diversi aspetti, in cui leggenda e mito regnano sovrani. Gli studiosi affermano che la regola benedettina non fosse diffusa fino almeno al VII secolo. Gregorio Penco, esperto proprio della Regola dei Monasteri Benedettini, sostiene che la cripta triastila, rinvenuta a San Benedetto al Subasio nel 1950, faccia pensare alla collocazione del primo insediamento benedettino ad assisi tra il VII e l’VIII secolo. La data certa più antica di detto monastero è quella del 1041. M. Sensi, nella sua opera sui Monasteri benedettini in Assisi, riporta la datazione al secolo XI: si basa sul confronto della cripta del Subasio con quella del monastero di S. Silvestro di Collepino. Salvatore Vitale racconta della venuta di S. Benedetto in Assisi, e a questa si collega la questione riguardante l’insediamento benedettino sul Subasio: sarebbe stato lo stesso Padre del Monachesimo Occidentale a dare avvio alla costruzione del monastero in cui i monaci fanno propria la regola dell’Ora et Labora.


Ludovico Iacobilli, molto attratto dalla storiografia erudita, riprende ciò affermato da S. Vitale: asserisce che il monastero del Subasio sia stato costruito intorno all’anno 536 dallo stesso San Benedetto (fratello di S. Scolastica, nato intorno al 480, a Norcia, e morto a Montecassino nel 547). In Umbria sono stati edificati sui trecento monasteri in cui veniva osservata la regola benedettina: non vi era luogo in cui non fosse rispettata la regola di S. Benedetto; erano molti i monasteri eretti per accogliere i monaci. Tra i monasteri maschili e femminili si instauravano intensi rapporti di carattere spirituale e materiale. La regola benedettina, a dir la verità, non ci parla di comunità femminili, e San Gregorio non si sofferma a parlare di Santa Scolastica, nei Dialoghi, ma ci parla brevemente di questa dolce donna che ama tenere conversazioni di vita spirituale con il suo santo fratello. Dunque possiamo presumere che il Santo Padre del monachesimo occidentale non pensasse ad istituire comunità femminili.


In quel periodo ad Assisi non mancano certamente le lotte intestine e la guerra con Perugia: ricordiamo la sconfitta subita da Assisi nel 1202 a Collestarda, in seguito alla quale San Francesco fu reso prigioniero. Nel 1573 il monastero di S. Apollinare era incorporato S. Paolo delle Abbadesse. Il monastero di S. Paolo delle Abbadesse è il primo e più importante monastero benedettino femminile in Assisi. S. Francesco fece andare qui S. Chiara, dopo la fuga dalla casa paterna. Si tratta di un monastero ben consolidato, con una precisa organizzazione. Nel 1201 il papa Innocenzo terzo emana la bolla Prudentibus Virginibus, con cui concede al monastero un grande privilegio: la dipendenza dalla Sede Apostolica di Pietro e l’ingente massa di beni e diritti in molte cappelle. Il monastero di S. Paolo sarebbe stato fondato intorno al 1180. Dai documenti dell’archivio comunale di Assisi sappiamo che il monastero si ubicava dove sorge il vecchio cimitero di Bastia.


La regola benedettina è quella che vige nel Monasterium Sancti Pauli Fontis Tibertinis, e la stessa bolla del 1201 consacra questa scelta: il papa Innocenzo parla nella bolla di “ordo monasticus” riferendosi al monastero (non dipende dal vescovo, ha piena efficienza organizzativa, patrimoniale e funzionale). Questa bolla fa un elenco dei beni, e da ciò si ricava quanto fosse cospicuo il patrimonio, il quale doveva fare sì che le monache potessero vivere più che dignitosamente, e si aveva anche la possibilità di acquistare in futuro. Dalla bolla del 1265, le monache di S. Paolo dell'Abbadesse, dopo lungo tempo, ottengono ciò che speravano, e si trasferiscono in città per avere maggiore sicurezza, andando a confinare con il monastero di S. Apollinare: tutto questo accade tra il 1330 e il 1340.


A Spoleto, intorno al VI secolo, in ambito femminile inizia a diffondersi il movimento monastico: questi raggruppamenti ascetici si organizzavano con le regulae mixtae (regole redatte dagli abati ma in cui si possono scorgere varie dottrine derivanti da diversi sistemi coordinati in maniera armonica: effettivamente le tradizioni orientali, ricavate da scritti di S. Girolamo e S. Agostino acquistano una preponderanza particolare), e Giuseppe Turbessi, nella sua opera sulle Regole monastiche antiche, afferma che nei testi medioevali occidentali l’espressione “santa regola” non sia collegabile ad una determinata regola ma stia ad indicare il fondo comune dell’osservanza monastica, e addirittura in molti monasteri manchi una regola scritta. Il trionfo della regola di San Benedetto, nei monasteri che dall’VIII secolo iniziano a diffondersi sempre più intensamente, diviene indubbiamente un fatto concreto e palese. In Umbria assistiamo alla costruzione di molti monasteri sotto la regola benedettina. Nel secolo XIII, nella diocesi assisana, vi sono circa dieci monasteri benedettini femminili, tra cui S. Paolo delle Abbadesse, S. Apollinare, S. Croce del Ponte dei Galli, S. Agnese, San Donato di Flebulle, probabilmente non antecedenti al secolo dodicesimo.


Nel XIX secolo, dopo la bufera napoleonica, i laicisti soppressero le corporazioni religiose, con tutto ciò che ne derivava in termini di proprietà patrimoniali. Le monache di S. Apollinare, in questa triste e angosciosa vicenda, trovarono rifugio presso il monastero di S. Chiara. Le trattative di riscatto per riprendere possesso del monastero non sarebbero andate a buon fine. In seguito, acquistarono un edificio abbandonato, nei pressi del duomo di S. Rufino in via S. Maria delle Rose, che aveva accolto le terziarie francescane. Nel 1881 andranno a dimorare proprio lì, denominandolo S. Apollinare (in passato era chiamato la Benedetta). Nel 1987 il monastero di S. Apollinare (in via S. Maria delle Rose) e di S. Giuseppe (in via S. apollinare, 1) si uniscono. L’originario monastero di S. Apollinare e di S. Paolo ospita un’altra comunità di benedettine, che risiedevano nel monastero di S. Giacomo dentro le mura di Assisi.


Dopo il trasferimento delle monache, il monastero è stato dedicato e denominato a S. Giuseppe. Questa comunità monastica benedettina di S. Giuseppe in Assisi presenta il volto orante e contemplativa: essa esprime la propria realtà nel ritmo assiduo e pacato della lode corale di Dio, della preghiera individuale, del silenzio e solitudine, del lavoro tutto impregnato del ricordo e della presenza di Dio e dell’amore fraterno. Il momento privilegiato della giornata è dato dalla Lectio Divina, cioè di questo ripiegarsi trepidamente di tutta la persona umana sulla Parola di vita per trarne l’alimento necessario all’impegno spirituale quotidiano. La clausura delle monache che vi sono non è più rigida come un tempo, per cui le religiose conducono una vita meno isolata dove largo spazio è dato all’ospitalità e ai rapporti spirituali con i laici.